Niebieskie ary mają unikalny system oddychania, który pozwala im skutecznie pobierać tlen z powietrza, minimalizując jednocześnie utratę wody. W przeciwieństwie do ssaków ptaki mają system worków powietrznych, które umożliwiają ciągły, jednokierunkowy przepływ powietrza przez płuca. Oznacza to, że gdy ptak wdycha, świeże powietrze jest zasysane do tylnych worków powietrznych, podczas gdy zużyte powietrze jest jednocześnie wydalane z przednich worków powietrznych. Kiedy ptak wydycha powietrze, proces jest odwrotny i zużyte powietrze opuszcza tylne worki powietrzne, a świeże wchodzi do płuc. Pozwala to na stały przepływ powietrza bogatego w tlen przez płuca, dzięki czemu ptak może wydobywać tlen wydajniej niż ssaki. Tylne worki powietrzne również odgrywają rolę w termoregulacji, ponieważ mają kontakt z wieloma głównymi naczyniami krwionośnymi ptaka. Gdy ptak wdycha, worki powietrzne schładzają krew, podczas gdy podczas wydechu ogrzane powietrze jest wydalane przez dziób, pomagając regulować temperaturę ciała ptaka. Ogólnie rzecz biorąc, proces oddychania niebieskich ary jest precyzyjnie dostosowany do specyficznych wymagań ich środowiska, co pozwala im rozwijać się w często trudnych warunkach tropikalnego lasu deszczowego.