Blauwe Ara's hebben een uniek ademhalingssysteem waarmee ze op efficiënte wijze zuurstof uit de lucht kunnen halen en tegelijkertijd het waterverlies tot een minimum kunnen beperken. In tegenstelling tot zoogdieren hebben vogels een systeem van luchtzakjes die een continue, unidirectionele luchtstroom door hun longen mogelijk maken. Dit betekent dat terwijl de vogel inademt, frisse lucht in de achterste luchtzakken wordt gezogen, terwijl gebruikte lucht tegelijkertijd uit de voorste luchtzakken wordt verdreven. Wanneer de vogel uitademt, wordt het proces omgekeerd, waarbij gebruikte lucht de achterste luchtzakken verlaat en frisse lucht de longen binnendringt. Dit zorgt voor een constante stroom zuurstofrijke lucht door de longen, waardoor de vogel efficiënter zuurstof kan onttrekken dan zoogdieren. De achterste luchtzakjes spelen ook een rol bij de thermoregulatie, omdat ze in contact staan met veel van de belangrijkste bloedvaten van de vogel. Terwijl de vogel inademt, koelen de luchtzakjes het bloed af, terwijl tijdens het uitademen de verwarmde lucht door de snavel wordt uitgestoten, waardoor de lichaamstemperatuur van de vogel wordt gereguleerd. Over het geheel genomen is het ademhalingsproces van blauwe ara’s nauwkeurig afgestemd op de specifieke eisen van hun omgeving, waardoor ze kunnen gedijen in de vaak barre omstandigheden van het tropische regenwoud.